En Secundaria se continúa el trabajo desarrollado en la etapa de Primaria mediante el trabajo cooperativo y por proyectos. Se fomenta el pensamiento crítico y constructivo del alumnado mediante la enseñanza de valores que los conviertan en ciudadanos de hoy y de mañana. 

Desde cada área de trabajo, el alumno aprende a asumir responsablemente sus tareas, conocer y ejercer sus derechos en el respeto a los demás, practicar la tolerancia, la cooperación y la solidaridad entre las personas y grupos, ejercitarse en el diálogo afianzando los derechos humanos y la igualdad de trato y de oportunidades entre mujeres y hombres, como valores comunes de una sociedad plural y prepararse para el ejercicio de la ciudadanía democrática.

Además, se desarrollan hábitos de estudio y se fomentan sus habilidades y destrezas como el eje central de una educación inclusiva, que les permita ser conscientes de que la educación y la formación para el futuro es prioritaria en cada uno de ellos. Se les motiva mediante la realización de dinámicas emprendedoras entre etapas con proyectos coordinados por ellos mismos.